Il museo dispone di una ricca collezione paleontologica, solo in parte esposta al pubblico. Gran parte dei fossili proviene dal territorio bergamasco.

La collezione è rappresentata principalmente da ammoniti, gasteropodi e bivalvi, ma non mancano i fossili di crostacei, pesci e altri vertebrati.

Di notevole interesse, anche se solo parzialmente accessibile al pubblico, è la “raccolta Guglieri” composta da migliaia di esemplari della fauna malacologica del Pliocene Piacenziano.